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法院查封企业法人的工商档案有法律依据吗
有法律依据。
依据:(2004年)最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定
企业被公安以涉嫌违法犯罪查封了,工商还能继续行政处罚或者罚款吗?
查封只是临时性的强制措施，查封的东西如何处置，应该还有后续的行为。处理结果应该写在处罚决定书中，或者没收东西，罚款，或者东西退还，罚款。具体要看查封所依据的法律规定，以及最终对于违法行为的定性。
法院查封的财产未经工商局登记是否有效
法院查封企业法人的股权，需要到工商局登记，否则不能对抗善意第三人受让股权的行为。但即使未经登记，对被告仍然有效，被告不得擅自转让股权。